包头市疾病预防控制中心是于2006年2月10日在原包头市卫生防疫站基础上组建而成的，是政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，是全市疾病预防控制、卫生检验检测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、科技研究中心、信息管理中心、人才培训中心。
包头市疾病预防控制中心设18个科室，即：综合办公室、计划免疫科、职业病防治科、体检科、消杀科、理化检验室、微生物检验科、放射防护科、结核病防护科、地方病防治科、质量控制科、学校卫生科、慢性非传染性疾病防治科、流行病科、性病艾滋病科、政工科、宣传教育与信息管理科和财务科。
中心拥有高效液相色谱仪、原子吸收分光光度计、气相色谱、智能冷原子荧光测贡仪、微分电位容出仪、荧光免疫分析仪、PRC测定仪、荧光显微镜、F-820全自动血球计数仪 、BT-224生化分析仪、酶标仪等仪器设备；建有艾滋病实验室、理化实验室和其它微生物实验室，可开展180余项检验项目，并于2004年通过内蒙古计量技术监督局计量认证。